鹼基配對方式
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鹼基辨別重點：
| 碳位置 | A | H | G | T | U | C | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| C2 | - | - | NH₂ | =O | =O | =O | |
| C4 | - | - | - | =O | =O | NH₂ | |
| C5 | - | - | - | CH₃ | - | - | |
| C6 | NH₂ | =O | =O | - | - | - | |
| 記憶法 | A for Amino (阿米''六'') |
A 脫氨 | 二技，技胺 | 第五裝甲軍團 | T 去甲基 C 脫胺 |
安心死吧 (胺 C4) |
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Purine：
- 保留最初編號 (由 Fischer 研究尿酸所訂定)
- 整體編號邏輯，左到右，上到下，使 N 編號總和最小
- 左到右：大環放左，小環放右
- 使 N 編號總和最小：左上的 N 編號為 1 號，下方 N 編號為 3 號
- 上到下：五元環的 7, 8, 9 號由上往下 (C4, C5 為橋樑)
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Pyrimidine
- 配合 Purine 的氫鍵配對
- Purine 配 Pyrimidine：612 配 432 (主環編號)
- 下方 N 編號為 1 號，左上的 N 編號為 3 號 (和 Purine 相反)
- 配合 Purine 的氫鍵配對
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氫鍵配對：612 配 432
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A-T：兩組氫鍵
- (A 的 C6-NH₂) - (T 的 C4=O)
- (A 的 N1) - (T 的 N3)
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G-C：三組氫鍵
- (G 的 C6=O) - (C 的 C4-NH₂)
- (G 的 N1) - (C 的 N3)
- (G 的 C2-NH₂) - (C 的 C2=O)
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| A-T | G-C | 官能基暴露於 | |
|---|---|---|---|
| 第一組氫鍵 | N⁶ - O⁴ | O⁶ - N⁴ | Major groove |
| 第二組氫鍵 | N1 - N3 | N1 - N3 | minor groove |
| 第三組氫鍵 | N² - O² | minor groove | |
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| 配對模式 | 配對分子 | 發生步驟 | 鹼基配對方式 | 備註 |
|---|---|---|---|---|
| Watson-Crick | DNA-DNA | DNA replication | A - T C - G |
遵守 Chargaff's rule |
| DNA-RNA | Transcription | A - U C - G |
以 U 取代 T | |
| Wobble (tRNA 一對多) |
tRNA-mRNA | Translation | A - U C - G G - C,U U - A,G I - A,C,U |
多了 GU 配對 I 配 ACU |
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Watson-Crick base pairing：
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發生在 DNA-DNA / DNA-RNA之間：
- DNA-DNA：A-T，C-G
- DNA-RNA：A-U，C-G
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Wobble base pairing：
- #### 發生在 tRNA 與 mRNA 之間：
- 三個鹼基對一組，所以 codons 有4×4×4=64 種，其中 UAA (ochre), UAG (amber), UGA (opal) 為 stop codon，結合 release factors 而非 tRNA，因此 tRNA 應有 64-3=61 種以上，才能識別所有 codons，然而大部分生物的 tRNA 只有不到 45 種，因為有些 tRNA 可識別 2 種以上 codon.
- #### 鹼基配對方式：
- tRNA 的 anticodons (5'→3') 對應 mRNA 的 codons (3'→5')
- 發生在 mRNA 第三位，即 tRNA-5'端 ←→ mRNA-3' 端
(A) The genetic code is degenerate in that most amino acids have more than one codon.
(B) The genetic code is ambiguous in that each codon can specify more than one amino acid. → 只在配對首位上 (5'- anticodon)
(C) The anticodon can pair with any part of the corresponding codon.
(D) The 5'-base of the anticodon can make non Watson-Crick hydrogen bonds with several different bases at the 3'-position of the codon.
(E) Inosine can pair up with C, G, or U. → I - A, C, U